原子印章按照印油的不同可以分為一次性印章和可加油印章兩種不同的印章，后者又稱滲透或儲墨印章，當然，無論是哪種印章，都是好用的原子印章。在制作原子印章時都是有工藝要求的，印章的制作工藝主要有以下幾個步驟組成。
步、制樣稿
根據用戶要求的原子印章印丈、字體、格式、尺寸，制印人要先制作樣稿，一般采用選照排和打印機打印的方法獲得所需要印刷字體文字。如果用戶不需要印刷字體，也可以用寫字體或將原印文作為底稿進行直接照相或通過高分辨率的掃描儀輸入專用的原子印章計算機排版系統，經過修整后制成樣稿，后打印出來。另外，還可以在專用的原子印章計算機排版系統中直接制樣稿，然后將其打印在復印紙或硫酸紙上，也可以直接打印在透明膠片上供制版用。
第二步、照相制版
制作原子印章除了選照排可以直接獲得樣稿底片外，其他類型的樣稿均需要進行照相。同時經放大或縮小達到符合設計規定尺寸的底片，然后將其放在曬版機上曬版，經過曝光、洗版等程序制成感光樹醋凸版，此時凸版上的文字和圖案是正的。
第三步、壓模
原子印章的壓膜是在壓模機上以感光樹醋凸版為母版，將特制紙置于母版上，加熱的同時加壓制成圖文凹入的紙型模具版。這種紙型材料大多為進口材料，材料質地細膩，受熱后軟化。
第四步、壓制印面
這道工序是制造原子印章后一道也是關鍵的工序。首先在紙型模具版表面鋪上與印面材料成分完全相同的粉劑，使其填滿凹下的文字筆劃，再放置一塊印面材料，送入壓力機加壓、加溫。在一定溫度下粉劑融化并與印面材料粘合，冷卻后即可成型，這樣印面上的圖案，文字都是反的，經修整四邊完成印面制作，然后將印面在原子印油浸泡，達到飽和后將其粘在相應規格的印柄活動內芯上，便制成了一枚原子印章。
原子印章大體上可分印柄、印面兩部分，印柄由柄、彈簧、活動內芯、外殼組成，印面是用具有微孔結構的海綿體特殊材料熱壓形成。市面上棒的原子印章基本構成皆是如此，而且均是按照上述的工藝步驟加工而成，原子印章的質量絕對有保證。